Bugonys je selo u općini okruga Alytus, u okrugu Alytus, Litva. Bugonys se nalazi na 119 m nadmorske visine. Broj stanovnika je 24 (2021). Najbliži veći grad je Alytus, 18,5 km sjeverno. Među znamenitostima u okolici su Grūtas Park (24 km), Church of the Assumption, Merkinė (13,8 km) i White Rose Bridge (18,5 km). Među prirodnim znamenitostima su Noriūnai forest spruce (5,8 km).
Piše se i Bugonys.