Niniškės je selo u općini okruga Molėtai, u okrugu Utena, Litva. Niniškės se nalazi na 182 m nadmorske visine. Najbliži veći grad je Utena, 20 km sjeveroistočno. Među znamenitostima u okolici su Molėtai Astronomical Observatory (5,6 km), Lithuanian Museum of Ethnocosmology (5,2 km) i Synagogue of Alanta (12,0 km).
Piše se i Niniškės.