Gubiškės je selo u općini okruga Trakai, u okrugu Vilnius, Litva. Gubiškės se nalazi na 163 m nadmorske visine. Najbliži veći grad je Alytus, 42 km zapadno. Među znamenitostima u okolici su Dvorac na otoku Trakaiu (22 km), Basilica of the Visitation of the Blessed Virgin Mary (22 km) i Trakai Kenesa (22 km). Među prirodnim znamenitostima su A. Mickevičius oak (6,3 km).
Piše se i Gubiškės.