Markūnai je selo u općini okruga Trakai, u okrugu Vilnius, Litva. Markūnai se nalazi na 157 m nadmorske visine. Najbliži veći grad je Vilnius, 37 km istočno. Među znamenitostima u okolici su Dvorac na otoku Trakaiu (18,0 km), Katedrala u Vilniusu (37 km) i Basilica of the Visitation of the Blessed Virgin Mary (17,1 km).
Piše se i Markūnai.